新进展！Variabel系统面世，让新冠变体无处可逃

面对棘手的疫情，如果研究人员能够找到隐藏在SARS-CoV-2变异体中的细节，那就好办了。

好消息是，莱斯大学乔治-R-布朗工程学院开发的一个新程序将使之成为可能，至少对于“宿主内变体”来说，即那些出现在同一新冠患者的变体。

由莱斯大学计算机科学家Todd Treangen和研究生Yunxi Liu领导的团队开发了Variabel，Variabel使用低成本的纳米孔测序技术来识别病毒感染后的宿主内变异。它能准确识别新冠病毒的“低频变体”，从而在它们有机会传播之前，识别潜在的破坏性变体。 

该实验室在对感染埃博拉和诺瓦克病毒的病人的序列测序进行Variabel测试后同样取得了成功。

研究人员声称，Variabel的关键是它能够区分真正变体和测序错误。Variabel为宿主内部变异的测序打开了大门，这最终可能有助于发现未来特定的变异。

《自然·通讯》上详细介绍了这个开源程序，可在https://gitlab.com/treangenlab/variabel上下载。

该研究论文题为"Rescuing low frequency variants within intra-host viral populations directly from Oxford Nanopore sequencing data"，已发表在《自然·通讯》期刊上。

前瞻经济学人APP资讯组

论文原文：https://www.nature.com/articles/s41467-022-28852-1

标签： Variabel